Nach einer Evaluierungszeit von 30 Tagen muß für die Benutzung eines MySQL Servers unter Microsoft Betriebssystemen eine Lizenz erworben werden. Einrichtungen für Lehre und Forschung können auf Anfrage kostenlose Lizenzen erhalten.
Dem Lizenznehmer werden die Zugangsdaten zu einer geschützten WWW-Seite mitgeteilt, von der er jederzeit die neueste MySQL-Win32 Vollversion herunterladen kann. Die aktuelle Lizenzpolitik sieht vor, daß der Lizenznehmer Updates kostenlos erhält.
Von der Evaluierungs-Version oder der Version für Lehre und Forschung dürfen beliebig viele unmodifizierte Kopien des Programms und der Dokumentation erstellt werden.
Die Client Programme von MySQL sind Public Domain oder unterliegen der GPL. Die Modifikation oder Rückübersetzung sowie die Erstellung von Produkten, die auf irgendeinem Teil des Server-Quellcodes basieren, ist nicht gestattet.